Der Kirchengemeinderat (KGR) ist das leitende Gremium der Gemeinde. Es besteht überwiegend aus Laien, also aus ehrenamtlichen Mitgliedern, die sich in besonderer Weise für die Gemeinde engagieren. Der KGR trägt die Verantwortung für die Mitarbeitenden, die Gebäude und Finanzen ebenso wie für das spirituelle, kulturelle und soziale Leben in St. Johannis-Harvestehude.